中华民国实行省县二级制。民国元年（1912年）10月14日，废厅置平潭县，仍属福州府。

民国2年废府置道，平潭属东路道。民国3年东路道改名闽海道。民国16年道废，平潭直属省辖。民国22年11月“福建事变”，在福州成立中华共和国人民革命政府，福建划分4省，平潭属闽海省。“福建事变”失败后，民国23年7月，国民政府将福建省划分10个行政督察区，平潭属第一行政督察区；民国36～38年平潭改由省政府直辖。

民国38年5月6日，平潭人民游击支队攻克平潭县城，13日成立平潭县人民政府，属中国共产党闽中工作委员会领导。民国38年7月3日至9月15日，国民党73军和74军军部及其51师以及天九部队占据平潭。民国38年9月16日，平潭解放。9月23日，再次成立平潭县人民政府，属福建省人民政府第四行政专员公署管辖。