（一）产业结构不合理，支柱产业单一。从产业结构上分析，2011年全县一、二、三产业增加值占ＧＤＰ的比重，由上的28.4∶32.3∶37.5，发展优化为28.5∶33.8∶38.3，表面上看第一产业比重有所下降，二、三产业比重有所提升，但从实质分析，产８业层次、效益仍比较低，第一产业的制约和影响较大。如在农业产业中，种植业占70％左右，畜牧业及林果业仅占30％（烤烟作为单一支柱产业的局面短期内难以根本改变）；工业基础薄弱，在总体经济中尚未形成支撑，第三产业发展缓慢，增长点小，一、二、三产业发展不协调。从城乡经济结构看，城乡分割“二元”结构突出，城乡互补功能差，互补效应不明显，没有从根本上跳出就农业抓农业的传统，全县经济结构仍需进一步优化。

（二）产业发展层次低。牟定的粗加工工业，原材料工业较多，高耗能、高污染行业仍占较大比重，受环境、资源和政策的制约大，多数产业存在着产能大、产值小的问题。
（三）产业发展缺乏竞争力。牟定县企业普遍缺乏自主知识产权的品牌和核心技术，多数属于资源加工型行业，产品附加值低，初级产品和低档次产品多，精深加工产品和高新技术产品所占比重小，企业创新能力不足，有实力的大企业、大集团少，尚未形成较强竞争优势的产业集群。
（四）农业产业化程度低，产业基础薄弱。一是各具特色的农业龙头企业规模比较小，多数为农产品的粗加工，产业链短，农业的贡献率低。二是农业科技创新意识不强，传统农业仍然占主导地位，水利化和机械化程度低，产业基础建设分散，规模效益不明显。三是农业投入不能满足农业产业化发展的需求，农业基础设施严重滞后，难以抵御大自然灾害，特别是近四年来的持续干旱，凸显全县农业基础设施的脆弱。
（五）城镇化水平低，城镇化进程慢。一是2011年，全国城镇化率超过50％，云南省城镇化率达35.2％，楚雄州的城镇化率为33.8％，牟定县的城镇化率为30.4％。与全省平均水平相比低于4.8个百分点，与楚雄州的平均水平相比，低于3.4各百分点。一个县城组合功能不强，对县内各乡镇的辐射和吸纳作用有限，2011年全县生产总值（ＧＤＰ）为25.78亿元，在全州第七位，说明二产发展不强，三产发展滞后。二是城镇主导功能趋同，城镇的聚集效应不明显。牟定县域内的城镇都是各级政府所在地，城镇功能小而全，基础设施薄弱。特别是城镇化建设的千篇一律，甚至是“被城镇化”，使得城镇规划和布局缺乏鲜明的个性和特色，经济互补功能趋同，与省内著名乡镇相比，牟定县既没有类似于丽江纳西古镇、腾冲和顺那样知名的旅游名镇，也没有玉溪大营镇那样经济雄厚的经济强镇。
（六）旅游业开发程度低。与外界合作不够深，投资机制不完善，旅游人才缺乏，旅游产品少，旅游资源的潜力远没有挖掘出来。