（一）监管任务重和行政资源矛盾突出
牟定县食品药品监督管理局现有干部职工32人，监管食品，药品，保健品，化妆品、医疗器械近3200余户市场主体，人均监管100余户，其中食品经营户1600余户，还有大量的行政审批和行政执法工作等，人手少、任务重的矛盾相当突出。一方面三定方案迟迟未出台，股室设置及定岗定责还不能完全确定，工作出现原股室工作压力大等问题；另一方面，原多个职能部门重组后，执法的不统一，不规范，执法资源合力尚未形成，但在日常监管中，执法文书的统一，执法制度的完善由显突出
（二）法律法规要求高和经营主体质量低
《国务院关于加强食品等产品安全监督管理的特别规定》（下称503号令）的颁布，以法规的形式将建立进货台账和索证索票制度明确为经营者应尽的义务，这要求经营者必须具备较强的自律意识和质量意识，具备较完善的内部管理机制。但从目前情况来看，我县食品经营主体良莠不齐，要真正承担起食品安全“第一责任人”的角色，走上规范化轨道，仍有相当距离。其次是规模小。我县食品经营户以个体户居多，主要分布共和镇和乡镇所在地及公路沿线，以经营饮食、副食为主，规模小、投资少。进货查验也只是停留在对包装、标签、外观性状及相关资料等的检查上，对进货质量难以有效把关。三是认识差。食品经营者大多文化程度偏低，法律意识淡薄，观念老、思想旧。体现在经营上，就是追求纯粹利益，唯利是图思想严重，进货时主要考虑产品成本，很少留意商标、厂名、厂址、生产日期及合格证等因素，成为了不合格食品进入市场的重要突破口；另一方面，我县外出务工人员众多，在家这一群体多为年老者和年小者，这一群体几乎没有收入或收入少、消费能力低，价格成为了消费食品时优先考虑的因素，便宜就买，减价就抢，客观上又给低廉食品提供了巨大的市场。四是源头乱。目前农村食品生产源头存在着小、乱、散的现象，生产经营者绝大多数系本地村民或外来人员，以租赁房屋和家庭作坊式的个体加工业为主，经营主体守法意识不强，相当一部分健康证过期或者人员变换后不持证上岗，人员素质低，生产条件差，产品质量难以保证。尤其是一些农村经营者经营的自制特色风味食品，如豆腐、卤制品、手工馒头糕点、烧腊等，深受当地消费者的喜爱，有一定的销售市场，但因为条件所限，不能取得相关生产加工前置审批手续、检验检疫证明和“QS”标志等，产品质量大打折扣。五是追溯难。很多地方的经营户要么不继续做台账记录，要么随便记录一下应付检查，索证索票制度更是形同虚设，追溯功能根本无法发挥。
（三）监管责任大和监管手段少
流通领域商品品种繁多，交易频繁，安全事故时有发生。回顾近年来我国发生的多起食品安全事故，问责呼声越来越高，问责力度越来越重，流通领域的食品安全问题已经成为食品药品监督管理局面临的职业风险的重要源头。当前，食品药品监督管理局查处食品违法案件的手段单一，与担负的责任不成正比。一是无检测机构，食品检测难而且检测耗时过长，这些原因造成食品药品监督管理局局限于查办两种类型的商品质量不合格案件，一是外包装标识不合格，二是经上级组织安排的商品质量监督抽查，已经被检测判定为质量不合格。而对于日常巡查或举报发现的涉嫌质量不合格商品，如果属于内在质量问题，食品药品监督管理局查处就较困难。二是对违法经营者处罚难。表现为没有任何可供查扣的有价值财物，经营者也就不会主动缴纳处罚金，更有一些新人干脆放弃摊位走人，导致处罚决定书都无法送达；对于出租屋主的处罚，由于强制手段的缺乏，更是流于形式，没有得到很好的实施。三是不合格食品销毁难。在执法中，对数量较少的劣质食品，我们采取的是责令经营者当场自行销毁的方式。而对数量较大、需立案查办的销售劣质食品行为，没收劣质食品后却难以处理。